當前位置:首頁 > 實驗服務

技術交流

掃描二維碼
或添加“GeneGroup003
獲取更多最新資訊

商城訂購

掃描二維碼
或添加“生物通ebiobuy
手機下單,快人一步

基因組學研究

       基因作為遺傳物質的基礎,基因組學的研究顯得尤為重要。現階段尋找和發現有價值的生物標記物已經成為目前研究的一個重要熱點。

      基因組水平的生物標志物主要有SNP、CNV、SV等幾種,最終在表型上均體現為個體差異,如人類中黑人與白人的差異、藍眼睛與黑眼睛的差異、健康人與遺傳病人的差異等,動植物中低產與高產的差異、易倒伏與抗倒伏的差異等,其中最為普遍的多態性就是單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),也就是說指的是同一物種不同個體間染色體上遺傳密碼單個堿基的變化引起的DNA序列多態性。以Human為例,SNP占已知多態性的90%以上,每300-1000bp就有一個SNP。


SNP的應用極為廣泛:

1. 人類疾病方面,特異的SNP與某些疾病相關,SNP在醫學領域的發現和應用,能為復雜疾病的基因定位帶來重大突破,還能為疾病遺傳機理的闡明做出重要貢獻。

2. 農業生產方面,SNP在作物、家畜遺傳圖譜的構建,功能基因研究,性狀與基因關聯分析,分子標記輔助選擇育種,種質資源鑒定等方面的應用具有巨大潛力。

3. 其他方面,如法醫學,SNP作為數量最多的一類遺傳標記用于基因分型,可在個人識別,親權鑒定方面發揮重要作用。


SNP研究思路總體可分為以下三大部分:


圖片 1.png


我司為廣大研究工作者提供完整SNP研究解決方案,前期可通過Affymetrix高通量芯片篩選得到與性狀相關的候選SNP位點,后期通過LGC KASP SNP分型技術擴大樣本驗證SNP位點,最終找到與研究目的關聯的有意義的SNP。


CNV——Copy Number Variations,拷貝數變異,作為一項重要的生物標志,染色體水平的缺失、擴增等變化已成為許多疾病或重要形狀研究的熱點,以Human為例,異常的DNA拷貝數變化(CNV)是許多人類疾病(如癌癥、遺傳性疾病、心血管疾病)的一種重要分子機制。然而傳統的方法(比如核型分析,FISH等)存在操作繁瑣,分辨率低等問題,難以提供變異區段的具體信息。


     我司采用Affymetix CNV研究芯片針對不同類型樣本提供CNV研究技術服務,詳見具體服務內容。

  • 高通量KASP SNP分型服務



  • OncoScan芯片服務

            實體瘤的拷貝數分析對于癌癥的診斷、預后以及治療方案選擇的重要性顯升。OncoScanTM FFPE 芯片系列能夠從質量有限的、高度變性和降解的福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin-fixed Paraffin-embedded, FFPE)樣本的DNA中準確測定實體瘤中的拷貝數變化 (Copy Number Variation, CNV) 和等位基因不平衡,包括雜合性缺失 (Loss of Heterozygous, LOH) 等信息。


            在實體瘤研究中,FFPE 樣本由于容易存儲而占絕大多數,而 FFPE樣本存在高度降解、獲得的DNA數量有限的問題,從實體瘤組織中獲得全基因組拷貝數和雜合性缺失信息,一直是一個巨大的挑戰。傳統的FISH和PCR技術存在分辨率低、位點有限的瓶頸,下一代 測序技術雖然也能用于突變檢測,但要從異質性的FFPE樣本中獲得全基因組拷貝數信息,仍面臨目標富集和深度測序的重大挑戰。

    芯片特點

    1. 只需要 80ng的起始DNA

    2. 對高度降解的(>=100 bps) FFPE 樣本也同樣適用

    3. 統一的參考數據探針設計-全基因組芯片

    加密覆蓋 ~900 個癌癥基因(50kb-100kb)

    全基因組范圍的覆蓋(300kb-400kb)

    全基因組LOH (3-10Mb)檢測能力在9個基因中檢測74種獲得性細胞突變(SM) 嵌合體分析(腫瘤比例大于20%)

    4. 最廣的拷貝數變異范圍, 0, 1, 2, 3, 4, 5-6, 7-10, 11-20, 20-50, 最高可以檢測50倍變異

    芯片種類

    芯片名稱

    區別

    OncoScan? FFPE Assay Kit  

    前者含有獲得性突變 panel,覆蓋 9 個基因 (BRAF、KRAS、EGFR、IDH1、IDH2、PTEN、PIK3CA、NRAS、   TP53) 中的 74 個突變

    OncoScan? CNV FFPE Assay Kit  

     

    技術原理

         此類芯片利用分子倒置探針 (MIP) 技術,這是一種分析拷貝數變化、雜合性缺失和檢測獲得性突變的成熟技術。

    1.jpg

      blob.png針對基因組SNP設計的同源序列探針     blob.pngTAG標簽     blob.pngDNA目標片段

      blob.png通用引物            blob.png   blob.png酶切位點


    樣本要求

    FFPE樣本

    3μm≤FFPE厚度一般≤10μm,每片表面積≥250mm2,要求去除石蠟包埋塊中暴露在空氣中的前2-3張切片,至少需要10張切片,每5-8張切片放入一個1.5mL離心管中,冷鏈運輸。

     

    DNA

    請使用柱純化后的DNA,提供的DNA必須滿足如下條件:

    ?   絕對不能溶于水中,一定要溶于ATE buffer或者1*TE Buffer(10mM Tris和0.1mM的EDTA,pH8.0)

    ?   沒有擴增過

    ?   沒有抑制劑(包括肝素、枸櫞酸鈉、高濃度的EDTA等)

    ?   最好無鹽

    ?   無污染

    ?   請提供至少300ngDNA,濃度至少為30ng/μL的DNA濃度測定結果數據;測定濃度要求使用熒光測定法(如Qubit、PicoGreen等),絕對不能用NanoDrop2000測定。


    服務流程

    1. 基因組DNA純化、質控

    2. 樣本處理(Anneal、Gap fill過程)

    3. 擴增反應及產物的純化

    4. 擴增產物的片段化及其標記

    5. 基因芯片雜交反應、掃描、數據處理


    檢測報告內容

    原始數據

    CEL文件、OSCHP文件及芯片掃描原始圖像

    質檢報告

    DNA樣本質檢報告、Affymetrix軟件給出的芯片質檢報告

    數據分

    析結果

    以Excel表格或文本文件及圖像格式提供給甲方所有樣品CNV/LOH區段、位置、大小及數據庫信息。

    根據SNP位點信息判斷LOH的親本來源(需同時提供親本芯片數據)

    參考資料

    芯片數據解讀說明性文件及實驗流程等


  • CytoScan芯片服務


       細胞遺傳學 (Cytogenetics),就是研究 DNA 變異與疾病等之間關系的科學。傳統的細胞遺傳學,例如核型分析或者各種現代技 術,雖然具有全局性的優點,但是其較低的分辨率越來越不能適應現代科研和臨床檢測的要求;而熒光原位雜交 (FISH) 等技術,雖然 分辨率有所提高,但是卻不是全局性的檢測工具。


           鑒于此,Affymetrix 公司所推出的新一代細胞遺傳學解決方案,即達到了全局性地掃描基因組的目的,又具有極高的分辨率,將 拷貝數和 SNP 信息相結合。從而不遺漏檢測對象全集因組范圍內任何極細小的變化,同時還提供了完全免費、界面友好的分析軟件 (CHAS),方便臨床醫師和科研人員對遺傳疾病、致病機制和產前產后等領域進行研究。該產品可以分析染色體(微)缺失、(微)擴增等,同時還可以用于疾病如腫瘤的研究。


    業界密度最高的細胞遺傳學芯片,含有超過270萬種探針,包括:
    75萬種可以分型的SNP探針
    195萬個拷貝數探針


    為真實SNP分型實驗而設計,能得到分型結果

    能進行單親二倍型 (UPD) 遺傳病、雜合性丟失 (LOH)、家系研究以及血緣關系鑒定等方面工作。

    例如可在拷貝數等于“2”看 似正常的 DNA 區域中發現 LOH;以及鑒定子代每一個 DNA 區域的父母親本來源等等

    針對有明確遺傳線索的表型分析的芯片,適合常見遺傳病的篩查

    共能檢測到 750000 個生物學標志物,其中:200000 個 SNP 標志物,550000 個非多態標志物

    分析與人類疾病最相關的遺傳與結構變異
    影響人表型的許多類型和大小的基因組結構變異可以用此芯片檢測 (復制、缺失、擴增、LOH)
    已知的所有的具有重要意義的細胞學區域可以得到檢測


        CytoScan Optima芯片

          CytoScan? Optima Suite在設計上融合了全世界眾多細胞遺傳學家的專業意見,并根據CytoScan? Cytogenetics Suite系列芯片的經驗進行優化。CytoScan? Optima 芯片有著全基因組的覆蓋度,并且在與產前和圍產期應用相關的396個關鍵基因區域有著更高的探針覆蓋度。

    ? 共能檢測180,18個CN和148,450個SNP標記

    ? 可應用于產前及流產物樣本中CNV的檢測,等位基因不平衡的檢出,中性拷貝數變異(AOH/LOH)的    鑒定,并確定染色體費平衡易位的發生

      由絨毛、羊水、培養細胞、POC以及血液樣本組成的內置參考文件

      樣本要求

      全血,細胞系,精液或者組織:應確保DNA的各種來源可以抽提出5μg DNA

      細胞樣本一般要求提供≥ 1×107 個細胞數/樣品

      全血一般≥1000μL

      組織量一般≥100mg。不建議用包埋或者固定后的組織。請避免反復凍融!


      DNA:請提供柱純化后的DNA, 提供的DNA必須滿足如下條件:

       沒有擴增過

       沒有抑制劑

       最好無鹽

       無污染

       沒有發生明顯降解

       請提供5μg DNA,以及電泳鑒定圖(配上常用分子量Marker)


      服務流程

    技術服務步驟

    基因組DNA純化

    基因組酶切及與Adaptor連接反應

    擴增反應及產物的純化

    擴增產物的片段化及其標記

    基因芯片雜交反應、掃描、數據處理

    檢測報告內容

    原始數據

    CEL文件、CYCHP文件及芯片掃描原始圖像。

    質檢報告

    DNA樣本質檢報告、CHAS軟件給出的芯片質檢報告。

    數據分

    析結果

    以Excel表格或文本文件及圖像格式提供給甲方所有樣品CNV/LOH區段、位置、大小及數據庫信息。

    根據SNP位點信息判斷LOH的親本來源(需同時提供親本芯片數據)。

    參考資料

    芯片數據解讀說明性文件及實驗流程等。

歡迎關注“基因快訊”官方微信

滬公網安備 31010402003540號 滬ICP備13000399號-1

不卡免费无码va在线 在线亚洲中文字幕36页 就要鲁,撸色网