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游離核酸抽提方法選擇

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-03-20

人體細胞在凋亡的過程中,DNA斷裂并分泌至細胞外。健康細胞,胎兒細胞,腫瘤細胞以及移植的細胞都可以通過這種方式釋放游離DNA至血液中。

隨著液體活檢技術的不斷發展,對這些的游離核酸檢測有望成為替代組織活檢的重要方法。大家比較熟悉的游離核酸檢測手段有定量PCRNGS等傳統方法和正在迅猛發展的數字PCR

cfDNA在體液中的含量非常低,通常血清中含量低于10ng/mL 如何從含量如此低的樣本中,抽提出適合檢測手段的游離核酸?

液體活檢技術的興起,使得游離核酸樣本的數量大增,高通量形式的核酸抽提成為了工作者們的追求,如何低成本解決通量問題?

那就從下方的描述中找到適合您的游離核酸抽提方式吧。

市面上的游離核酸抽提試劑盒大多是基于柱膜法的原理、還有一部分是基于磁珠法的抽提原理。有單管離心、多管真空抽濾、96孔板真空抽濾、磁珠法高通量等形式。最常用的為多管真空抽濾的方式。

多管真空抽濾

采用真空抽濾的方法。

在真空抽濾裝置上,可同時提取241-10mL血清、血漿、尿液等樣本, 結合&洗滌過程無需使用離心機。大多客戶用此方法來抽提2-4mL血漿,得到的游離核酸用于后續的PCRNGS、甲基化研究。整個抽提過程需要約45min-3h不等,具體的操作時間要根據使用的品牌來定。

NucleoSnap? DNA Plasma 僅需要45min 即可完成EDTA處理血漿游離核酸的抽提,是目前提取速度較快的游離核酸提取試劑盒。提取到的游離核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等檢測手段。

 

單管離心

單管離心抽提游離核酸的方法一般適用于小體積血清或者血漿樣本,通常樣本體積范圍在200uL-2mL。由于樣本上樣量少,游離核酸的得率也較多管真空抽濾的方式要低。此類方法得到的游離核酸一般用來進行PCRqPCR等分子檢測。

PCR需要的模板量一般是很低的。常規的20-30uL洗脫體積,一般只用到10%。有沒有一種方法可以讓洗脫體積更小,單位體積里面濃縮更豐富的核酸?

NucleoSpin? Plasma XS應運而生,采用獨特的設計,柱膜直徑是普通柱膜的一半,僅需要240uL 血漿,5-20uL洗脫液,得到高濃度核酸,后續的QPCR檢測靈敏度也更高。


洗脫體積的大小決定于柱膜直徑!
    MN NucleoSpin? Plasma XS:

柱膜面積最小,僅5–20 μL洗脫體積就可以得到有效的游離核酸.
    Competitor Q (Q):
   
盡管此試劑盒適用于小樣本量,但是沒有針對此應用做專門的設計,洗脫體積至少 20–30 μL.


NucleoSpin? Plasma XS非常適合孕婦血漿中游離核酸檢測。

 

談論到單管離心的方式提取游離核酸,還要給大家介紹一款產品Covaris truXTRAC? cfDNA

Covaris truXTRAC? cfDNA提取試劑盒配合Covaris自動聚焦超聲技術(Adaptive Focused Acoustics,AFA) ,主動解交聯提取cfDNA,相比傳統方法,cfDNA提取的得率、質量和復雜度都得到顯著提高,更少的血液量即可滿足下游檢測分析需求。同時除提取單核小體凋亡cfDNA外,還可獲取血液中少量存在的核小體二聚體、三聚體cfDNA和非凋亡長片段cfDNA,幫助后續研究獲取更多疾病相關信息!

 

96孔板真空抽濾

采用柱膜法原理抽提游離核酸,一次可以抽提96個樣本,極大的方便了樣本量較多的客戶。

此類產品一般只適用2mL血漿、血清等樣品,提取到的游離核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等檢測手段。


NucleoVac 96 Vacuum Manifold

此類提取方法的代表試劑盒就是NucleoSpin? 96 DNA Plasma。此試劑盒可以在真空抽濾的自動化核酸抽提平臺使用,比如:Eppendorf


也可以在真空抽濾裝置NucleoVac 96 Vacuum Manifold 上使用,

此類方法可以極大的節省購買儀器的費用。

 

磁珠法高通量

磁珠法是最容易實現自動化通量抽提的一種核酸抽提方式,可處理1-10mL血漿樣品,形式也更靈活。提取到的游離核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等檢測手段。

磁珠法得率的高低主要取決于試劑盒中磁珠的類型。NucleoMag? DNA Plasma采用MN 磁珠- 超順磁性。超順磁性代表磁珠可以被磁場吸附,但是自身不會被磁化,不會聚集在一起,很容易在溶液中被懸浮;磁珠直徑 1–3 μm,能夠保證沉降時間,更有利于HTP處理方式,此外小珠有更大的聚集表面積,這也是磁珠擁有最大結合能力所必須的。

 

以上內容涉獵的cfDNA抽提方法,基因有限公司都可以提供。

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