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來看看國外大神如何把DNA片段化整合到NGS全自動化中

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-03-29

要找到一個DNA片段化效果均一性好,集中無偏差,適合不同種類樣品的DNA片段化系統,整合到NGS全自動化流程中,無疑是工程師們一大挑戰。那來自ARUP Laboratories的工程師們是如何找到解決方案的呢?

視頻中,來自ARUP Laboratories的工程師敘述了如何通過和Covaris的科學家們合作,把DNA片段化天衣無縫整合到NGS全自動化中。

 

挑戰1:如何把機械臂和CovarisDNA片段化整合起來,實現自動化?

解決方案:為了實現自動化,CovarisLE220R-Plus設計成了開放式的,機械臂可以伸入儀器,實現與liquid handler的整合。另外為了安全起見,開口兩邊還安裝了傳感器,片段化過程中如不慎伸手進去了,機器會停止運作,以防意外發生。

1LE220R-Plus儀器示意圖。跟其他型號不同,LE220R-Plus設計為開放式,玻璃門設有開口,可讓機械臂伸入。


挑戰2:如何降低儀器維護頻率,把每天的儀器維護改成一個月維護一次?

解決方案:系統配套的水浴循環系統(Water Conditioning System, WCS)不斷地過濾和更換水浴中的水,能幫助去除水中污染物,保持水浴干凈,不用頻繁換水。


挑戰3:如何避免移動儀器,不用手動即讓儀器自動完成儲水池加水?

解決方案:儀器控制軟件Sonolab新添加了一個自動加水模塊,只要儀器有連接水源,它在預約時間會自動加水,排氣,大約45分鐘-1小時即可完成。另外水位也是通過儀器自動控制,不需肉眼判斷,大大降低了人為誤差。

 

總結:

·         在診斷實驗室中,DNA片段化遇到的挑戰包括不同類型的樣品差異性較大,而且數量多;

·         如何成功地建立DNA片段化的自動化系統的應考慮以下因素:重復性,靈活性,機械化和自動化的可能性,和是否易于操作;

·         LE220R-Plus所提供的靈活性和結果可重復性讓ARUP LaboratoriesDNA片段化整合到NGS自動化中成為可能。

 

LE220R-Plus

NGS全自動化中不可缺少的DNA打斷解決模塊

圖二:LE220R-Plus整合到NGS自動化流程中。

 

Covaris超聲處理系統在DNA片段化,文庫構建方面已風靡全球。Covaris采用高頻率短波長的醫用級別超聲波,超聲能量強,作用徹底。與所有傳統的基于超聲的樣本處理方法不同,Covaris采用聚焦超聲技術,儀器與樣本不直接進行接觸,不存在交叉污染可能。球型換能器產生的超聲波可聚焦作用于樣本,能量利用率極高,方向和力度精準可控,處理重復性好。


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